Исходя из вопроса можно заключить, что нормативный правовой акт, на который ссылался таможенный орган при начислении дополнительных таможенных платежей в отношении товаров, ввезённых Вашей компанией из-за границы, в нарушение Указа Президента Российской Федерации от 23.05.1996 N 763 "О порядке опубликования и вступления в силу актов Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации и нормативных актов федеральных органов исполнительной власти" не был опубликован в установленном порядке.
Согласно пункту 10 настоящего Указа, нормативные правовые акты федеральных органов исполнительной власти, кроме актов и отдельных их положений, содержащих сведения, составляющие государственную тайну, или сведения конфиденциального характера, не прошедшие государственную регистрацию, а также зарегистрированные, но не опубликованные в установленном порядке, не влекут правовых последствий, как не вступившие в силу, и не могут служить основанием для регулирования соответствующих правоотношений, применения санкций к гражданам, должностным лицам и организациям за невыполнение содержащихся в них предписаний. На указанные акты нельзя ссылаться при разрешении споров.
Следовательно, указанный Вами ведомственный нормативный акт не мог быть применен для урегулирования соответствующих правоотношений, а именно для доначисления таможенных платежей.