Уголовно-процессуальным кодексом Российской Федерации  (далее - УПК РФ) установлено понятие процессуальные издержки.  В соответствии с частью 1 статьи 131 УПК РФ процессуальными издержками являются связанные с производством по уголовному делу расходы.  К таким расходам на основании части 2 указанной статьи относятся, в том числе, и суммы, израсходованные на хранение и пересылку вещественных доказательств.

Товары, были изъяты 11.02.2010, как имеющие значение для уголовного дела в соответствии со статьей 183 УПК РФ.  27.04.10 товары были признаны вещественными доказательствами и приобщены к материалам уголовного дела 27.04.10, что подтверждается постановлением.

В соответствии с пунктом 1 статьи 132 УПК РФ процессуальные издержки взыскиваются с осужденных или возмещаются за счет средств федерального бюджета.

Как следует из вопроса, по уголовному делу представители Компании не были осуждены, поскольку уголовное дело было прекращено по части 1 статьи 24 УПК РФ, то есть за отсутствием события преступления, предусмотренного частью 1 статьи 188 УК РФ.  Таким образом, в соответствии с положениями УПК РФ Компания не должна возмещать расходы, связанные с хранением товаров, являвшихся вещественными доказательствами по уголовному делу.

В свою очередь, в соответствии с Положением о хранении и реализации предметов, являющихся вещественными доказательствами, хранение которых до окончания уголовного дела или при уголовном деле затруднено, утвержденным Постановлением Правительства Российской Федерации № 620 от 20.08.02 (далее - Положение), хранение вещественных доказательств осуществляется:

а) органом, принявшим решение об их изъятии (далее именуется - уполномоченный орган), в порядке, устанавливаемом нормативными правовыми актами федеральных органов исполнительной власти с учетом требований, предусмотренных Положением;

б) Федеральным агентством по управлению государственным имуществом;

в) юридическим или физическим лицом, которое в состоянии обеспечить необходимые условия для хранения вещественных доказательств, отобранным уполномоченным органом (далее именуется - хранитель).

При этом в соответствии с пунктом 8 Положения финансирование мероприятий, связанных с хранением и реализацией вещественных доказательств осуществляется за счет средств, предусматриваемых на текущее содержание уполномоченного органа в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Аналогичные положения содержатся и в Инструкции о порядке изъятия, хранения, учета, передачи и уничтожения вещественных доказательств, ценностей и иного имущества по уголовным делам и материалам проверок сообщений о преступлениях в таможенных органах Российской Федерации, утвержденной Приказом ФТС России № 1363 от 25.12.06 (далее - Инструкция).

В соответствии с пунктом 34 Инструкции, таможенный орган, не являющийся владельцем склада временного хранения, передает вещественные доказательства, которые невозможно возвратить их законному владельцу или передать подразделениям Федерального агентства по управлению государственным имуществом для хранения и реализации в порядке, установленном Положением о хранении и реализации предметов, являющихся вещественными доказательствами, хранение которых до окончания уголовного дела или при уголовном деле затруднительно, утвержденным Постановлением Правительства Российской Федерации от 20 августа 2002 г. N 620, на хранение по соответствующим договорам, заключенным в установленном порядке с юридическими и физическими лицами, осуществляющими складские услуги в зоне действия таможенного органа. 

При этом в соответствии с пунктом 2 статьи 887 Гражданского кодекса Российской Федерации простая письменная форма договора считается соблюденной, если принятие вещи на хранение удостоверено хранителем выдачей поклажедателю сохранной расписки, квитанции или иного документа, подписанного хранителем.

На основании пункта 38 Инструкции финансирование мероприятий, связанных с хранением вещественных доказательств, осуществляется за счет средств федерального бюджета, предусмотренных на текущее содержание органа дознания.

Исходя из изложенного можно сделать вывод о том, что хранение товаров, изъятых у вашей Компании таможенным органом в рамках уголовного дела в качестве вещественных доказательства  и  помещенного им по соответствующему акту на склад организации, являющейся владельцем СВХ, должно осуществляться за счет средств федерального бюджета.