В данном случае территория Россия местом реализации товаров (услуг) не признается.

Услуги по организации перевозок товара из Республики Беларусь на территорию Литвы НДС не облагаются, отметил Минфин России.

Напомним, что местом реализации услуг по перевозке, не перечисленных в подп. 4.1 и 4.2 п. 1 ст. 148 НК РФ, территория Российской Федерации не признается. Поскольку услуги, непосредственно связанные с транспортировкой товаров между двумя пунктами, расположенными за пределами территории России, к услугам, перечисленным в подп. 4.1 и 4.2 п. 1 ст. 148 НК РФ, не относятся, то местом реализации территория нашей страны не признается.

Письмо Минфина России от 03.11.2011 г. № 03-07-08/306
Источник: Российский налоговый портал