Финансовое ведомство разъяснило различия в уплате НДС по ввозимым и реализуемым на внутреннем рынке товарам
Минфин РФ в письме от 28.07.2011 г. № 03-07-14/75 отметил, что мнение о том, что таможенная пошлина является налогом, на который начисляется другой налог  (НДС), не соответствует действующему законодательству. Дело в том, что база по НДС при ввозе товаров является суммой таможенной стоимости, а также подлежащих уплате таможенной пошлины и акцизов (по подакцизным товарам).

Кроме того, различия в уплате НДС по ввозимым товарам и реализуемым на внутреннем рынке при использовании в расчетах авансовых платежей объясняется следующим.  В первом случае объектом налогообложения является ввоз товаров на территорию РФ, а во втором - операции по реализации товаров, налог по которым уплачивается в бюджет по итогам налогового периода, в котором получена предоплата или произведена отгрузка. При этом обязанность уплаты НДС по ввозимым товарам возникает в момент пересечения товарами границы и не связана с формой расчетов по внешнеторговому контракту между продавцом и покупателем этих товаров.
Источник: Российский налоговый портал